Pənahəli xan Cavanşir Şuşanı rəsmən paytaxt edəndən sonra seçmə adamları köçürüb burada yerləşdirdi. Sonralar isə bu ənənəni oğlu İbrahimxəlil xan davam etdirdi...
İllər keçdikcə qala-şəhər böyüməyə, böyüdükcə əhalisi sıxlaşmağa və bunun da nəticəsində məhəllələr əmələ gəlməyə başladı. Bu yeni yaşayış məntəqələri yaranarkən qalanın təbii coğrafi şəraiti müəyyən qədər nəzərə alınsa da, vahid bir prinsip gözlənilmədi.
Şuşada məhəllələrin yaranması üç əsas mərhələyə bölünür. Birinci mərhələ Pənahəli xan dövrü, ikinci mərhələ İbrahimxəlil xan dövrü, üçüncü mərhələ Qarabağ xanlığının Rusiyanın tərkibinə keçməsindən sonrakı dövr.
Yeni salınan hər bir məhəlləyə özünə uyğun ad verilirdi. Bəzilərinə yerləşdiyi ərazinin xüsusiyyətlərinə (Çuxur, Quyuluq, Hamamqabağı, Təzə məhəllə), sakinlərinin məşğul olduqları sənət və peşələrə (Culfalar, Ayaqyalın, Qurdlar), dini əlamətlərə (Seyidli), müxtəlif mahallardan gəlib yığcam yaşadıqlarına (Köçərli, Təbriz, Dəmirçilər, Merdinli, Dördçinar, Xocamircanlı, Əylisli, Qazançılı, Mehrili, Urud, Çiləbörddərə) görə adlar verilmiş, bəziləri isə etnik qrupların və tayfaların (Qurdlar, Mamayı, Saatlı) və ayrı-ayrı şəxslərin (Hacı Yusifli, Ağadədəli) adları ilə adlandırılmışdır.
Qalanın içərisində əhali çox olduğundan şəhərdən bayırda da evlər tikilmiş və yeni bir məhəllə də (Çölqala) yaranmışdı. Bu məhəllələr bu günə qədər də özlərinin etnik adlarını qoruyub saxlamışlar.
Vaxt ötdükcə daha kiçik məhəllələr, məsələn, ilkin adı "Mir" olan Xanlıq ara Çuxur məhəllə ilə, Dördlərqurdu, Qurd Gürcüstan, Ayaqyalın, yaxud Kiçik qurdlar nisbətən iri məhəllə ilə birləşmiş, bir yerdə ümumi Qurdlar məhəlləsi adlanmışdır. Hacılı məhəlləsi Merdinliyə assimilyasiya olunmuş, Dərəqırağı məhəlləsinin bir hissəsi Köçərli, o biri tərəfi isə Saatlı məhəlləsinə qovuşaraq tədricən tarix səhnəsindən silinmişdir.
Şəhərin yuxarı hissəsindəki beş xristian məhəlləsi istisna olmaqla bu günümüzə qədər on yeddi müsəlman məhəlləsi qalmışdır. Bu məhəllələrin doqquzu aşağı (Çuxur, Qurdlar, Seyidli, Culfalar, Quyuluq, Dördlərqurdu, Hacı Yusifli, Dördçinar, Çölqala), səkkizi isə yuxarı (Saatlı, Köçərli, Mamayı, Xocamircanlı, Dəmirçilər, Hamamqabağı, Təzə məhəllə, Merdinli) adlanırdı.
Bütün Şərq ölkələrində olduğu kimi, Şuşada da hər məhəllənin özünün bazarı, karvansarası, məscidi, hamamı, bulağı, mədrəsəsi, dükanları vardı, ortasında isə məhəllə mərkəzi rolunu oynayan kiçik meydança yerləşirdi. Məhəllələr bir-birindən, əsasən, hasarla ayrılır, ya da hər məhəllənin qurtaracağında sıra ilə ağaclar əkilirdi.
Şəhər qalanın ucqarı və ilk yaşayış sahəsi sayılan Çuxur məhəllədən başlayaraq üzüyuxarı sürətlə inkişaf edirdi. Çox çəkmədən sıx, bir-birinə bitişik altı məhəllə əmələ gəldi və qala getgedə kiçik bir şəhərə çevrildi.
Hər bir məhəllənin öz ağsaqqalı olurdu və onlar məhəllə nümayəndəsi və məsləhətçi kimi bu və ya digər tədbirlərdə, xüsusilə toy və yas mərasimlərində yaxından iştirak edir, eyni zamanda müşkül məsələlərin həllində fəal rol oynayırdılar.